船舶吨税是海关代交通部对进出中国港口的国际航行船舶征收的一种税，税款主要用于港口建设维护和海上干线公用航标的建设维护。征税对象、费率和办法参本讲义第三条第4款。作为外勤，在第一次登船服务时，必须落实船方是否持有有效的吨税执照。如无，则让船方立即填写书面吨税申请书（核实确定所申办的吨税证书期限，90天期，还是30天期），要在单船作业记录本上作好记录并在开船提醒事项栏内做相应提醒标记。申请应及时送交海关并取回缴税通知单转公司主管港口使费控制的人员。海关出具吨税证后要及时取回并在开船前送交船方。如船方持有有效吨税执照，则应在单船作业记录本上记录其有效期限，到期时船仍然在港作业，应及时提醒船方申请办理新的吨税执照。
船方持有台湾当局签发的有效期内吨税执照的，海关将予以认可，但一般不得在吨税执照上出现不能接受的妨碍统一的政治性词语。租船的吨税一般由租家出钱交纳，租期结束时吨税执照仍然有效的，一般租家都要求代理替其收回。有时，船东或下一租家需要利用原有的有效吨税执照，双方往往会达成协议，以半价将有效吨税予以转让，外勤应给予配合。
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