1803年，英国舰队司令纳尔逊率领舰队与法国和西班牙舰队作战，于1805年10月在特拉法尔加角展开激烈海战，歼灭敌舰15艘，大获全胜。在这场著名的海战中，英国舰队司令纳尔逊独创地运用一些不同颜色和图案的信号旗来沟通舰队之间的联系，克服了因海上通信不便而引起的指挥困难，在作战中发挥了关键性的作用，成为取得海战胜利的重要因素。后来，英、葡、美、法、西等国的航海家以及海军都纷纷效仿，各自制订易于识别的信号，运用在航海与作战中。1817年，英国海军马利埃特上校编出一套完整的信号系统，并得到了国际上的承认，目前使用的信号旗，就是在此基础上不断修改完善的。最初这套航海信号旗共有16面，能够表达9 000组语句，到1897年又增至26面。 　
　　第一次世界大战后，英国政府提议修订“万国通信书”，交由万国电信会议审查。1934年元旦，正式在世界上使用国际通信信号旗。 　
　　船上使用信号旗通信至今已有四百多年的历史。由于使用旗号通信具有十分简便的优点，因此，即使当今现代通信技术相当发达，这种简易的通信方式仍被保留下来，各种信号旗仍然在船舶上悬挂着，成为近程通信的一种重要方式。 　
　　现在国际上通用的信号旗共有40面，分为4种类型：
　　第一种是字母旗：A、B、C、D、E……共26面，形状是长方形和燕尾形。
　　第二种是数字旗：1、2、3、4、5……共10面，形状都是梯形的。
　　第三种是代用旗，共3面，形状均为三角形。它的作用是字母旗、数字旗不够时就用它来代替使用。
　　第四种是回答旗，只有1面，形状也是梯形的，它在回答别的船发问时才使用。
　　在进行旗号通信时，可以把信号旗单独或组合起来使用，表示不同的意义。通常为悬挂两面或三面信号旗，表示日常通用的内容。例如，在欢送我舰艇编队出访时，出访舰艇主桅上悬挂向首长问好的旗组：一组是“LBF”，另一组是“LBV”，意思是：“热烈欢迎首长指导”和“向首长致敬”。海军113舰第一次出访东南亚，离开上海前，向送行的海军首长、部队官兵、被访国驻华使节等，挂了两组旗语：“LBN”和“LBZ”。意思是：“感谢首长的关怀和鼓励，保证完成任务。”“谢谢你们，再见！”当外国军舰进入我领海线时，我前出迎接的舰艇主桅上悬挂欢迎旗组：“WTC”，意思是：“欢迎到中国来”。外国军舰来访进港时，我停泊在港口里的舰艇也要挂“WTC”旗组。外国军舰访问结束离码头时，停泊在码头的舰艇要挂欢送旗：“DB”，意思是：“再见”。
　　舰艇上最隆重的礼仪是“挂满旗”，满旗就是海军舰艇白天按规定悬挂国旗、军旗，并由舰首通过桅杆连接到舰尾挂满信号旗的仪式，用于迎接国家元首、政府首脑、军队高级将领和来访的外国军舰，以及重大节日、隆重活动、出国访问停泊于外国港口时。通信旗的排列是两方一尖，燕尾旗可作方旗用。不过，悬挂满旗时还有一些特殊的要求：不得悬挂与各国国旗图案相同的通信旗，也不得悬挂用于表示战斗、防核、防化、防空袭的单旗。满旗中的单独一面，并不表示什么意义。悬挂单面信号旗，是表示最紧急、最重要或最常用的内容。例如，悬挂A字母旗，表示“我船下面有潜水员，请慢速远离我船”；悬挂O字母旗，表示“有人落水”等等。

    单面信号旗的含义如下：
A：我下面有潜水员，请慢速远离我。
B：我正在装卸爆炸物。
C：是（表示许可）。
D：我C纵不灵，请避开我。
E：我正向右转。
F：我机器失灵，请和我轮联络。
G：我需要引水员。
H：我船有引水员。
I：我正向左转。
J：我船失火，并且船上有危险货物。请远离我。
K：我希望与你通信。
L：你应立即停船。
M：我船已停，并已没有对水速度。
N：不是（表示不同意）。
O：有人落水。
P：在港内挂“P”表示：我轮即将开航出海，所有船员应返船（“P”字旗必须挂在前桅顶上），在海上当由渔船使用时，意为“我的网缠在障碍物上”。
Q：我船没有染疫，请免予检疫。
R：我船已停止前进，你要小心经过我船。
S：我用全速后退。
T：不要从我船头经过。
U：你正在危险区中。
V：我需要援助。
W：我需要医药援助。
X：停止实现你的动作，并注意我的信号。
Y：我正在走锚。
Z：我需要一艘拖船。
    国际信号旗系统是一种船只间的旗帜沟通系统，让船只快速清晰地表明自船的意图。此系统是国际信号代码系统(International Code of Signals)的一部份。
旗帜沟通方式有以下几种:
以不同旗帜代表不同拉丁字母或数字组成字串;
每一面信号旗亦各自代表一个独立含义，并且有既定标准；例如，A旗本身代表了「本船正在支援潜水人员，因此不能驶'」的意思。
一面或多面旗帜可组成代码，而沟通双方都能查阅代码手册去了解代码的含义。例如是特拉法加海战中英国皇家海军采用的波凡姆数字代码系统。
在帆船比赛中，旗帜会有不同的含义；例如，P旗代表「赛事即将开始，请各帆船预备好」。
北约另外有一套旗号系统去代表一些特定的信息。
    字母旗号
字母 读法  旗号 独立使用时的含义hello
A  Alf'   有潜水人员在水中工作，请慢驶及远离。
B  Brav'   本船正在装载、卸下或携带危险货物。(此含义最早被携带***的英国军舰使用)
C  Charli'   是。/肯定。
D  Delt'   请勿驶近本船，本船操作上有困难。
E  Ech'   本船向右舷转舵。
F  Foxtro'   本船发生故障，请与本船通讯。
G  Gol'   本船需要领港员。(渔船:本船正在收网。)
H  Hote'   本船有领港员。
I  Indi'   本船向左舷转舵。
J  Julie'   本船发生火警，并载有危险货物：请远离本船，或本船正在泄漏危险货物。
K  Kil'   本船想与贵船通讯。
L  Lim'   港内：本船正接受检疫。
海上：贵船应立即停下。
M  Mik'   本船已完全停下。
N  Novembe'   不是。/否定。
O Osca'   有人掉进水里。
P  Pap'   港内：召集所有人员上船，本船即将启航。
渔船：渔网缠上了海底障碍物。
Q  Quebe'   本船并无发生疫症，要求签发检疫证。
R  Rome'   无独立含义。
S  Sierr'   本船正在后退。
T  Tang'   渔船：正在进行双船拖网作业中，请勿驶近本船。
U  Unifor'   贵船将陷入危险状态。
V  Victo'   本船需要援助。
W  Whiske'   本船需要医疗援助。
X  Xra'   请贵船停止一切企图，并留意本船的信号。
Y  Yanke'   本船正在走锚。
Z  Zul'   本船需要一艘拖船。
渔船：本船正在下网。
* N 及 C 的组合是求救信号。
数字旗号
旗号种类  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9
北约方旗           
尖旗            

其他旗号
代表旗用作替补重复的字母，例如要表示NOON，就悬挂N旗+O旗+第二代表旗(替代O)+第一代表旗(替代N)。 {| |- | || || || |- | 第一代表旗 || 第二代表旗 || 第三代表旗 || ***表旗 |- |colspan=5 |
北约编队特殊旗号
|- | || || || || |- | 代码或回答 (ANS) || 准备(PREP) || 疑问 (INT) || 否定 (NEGAT) || 指示 (DESIG) |- | || || || || |- | 航线变更 (CORPEN) || 转向 (TURN) || 护航 (SCREEN) || 速度 (SPEED) || 停驻 (STATION) |- | || || || || |- | 左舷 (PORT) || 右舷 (STBD) || 阵形 (FORM) || 分队 (DIV) || 特遣队 (SQUAD) |- | || || |- | 区队 (FLOT)|| 小队 (SUBDIV) || 紧急 (EMERG)